Som en tropisk ø-nation tæt på ækvator, varierer vejret i Indonesien afhængigt af region og årstid.
Sumatra
Varmt og fugtigt året rundt med kraftige regnskyl, især fra november til marts.
Java
Tropisk klima, med regnsæson fra november til marts og tør sæson fra april til oktober. Jakarta kan være meget fugtig og varm hele året.
Bali og Nusa Tenggara
Tørt og solrigt fra april til oktober, med regn og høj luftfugtighed fra november til marts. Bali har en konstant varm temperatur hele året.
Kalimantan (Borneo)
Varmt og fugtigt hele året, med regnsæson fra november til marts. Dyr og plantelivet i regnskovene trives i disse betingelser.
Sulawesi
Tropisk klima med regn fordelt over hele året, dog mere intens fra november til marts. Kystområderne er varme og fugtige, mens højlandet er køligere.
Papua
Varmt og fugtigt, med regn hele året, men mest intens fra november til marts. Den tætte regnskov og bjergrige terræn er karakteristisk for denne region.