Den bedste tid til at besøge Pantanal afhænger af, hvilken type oplevelse I søger.
Pantanal byder nemlig på enestående naturoplevelser året rundt.
Regnsæson (november til marts)
Floderne stiger, og Pantanal omdannes til et vådområde. Dette er yngletid for mange dyr og fantastisk for fugletitting. Dog kan nogle områder være svære at tilgå på grund af oversvømmelser.
Overgangsperiode (april til juni)
April til juni markerer det såkaldte overgangssæson, hvor Pantanal bevæger sig fra den våde til den tørre sæson. Vandstanden begynder at falde, hvilket blotlægger mere land, og de dyr, der har spredt sig med de store vandmasser, vender nu langsomt tilbage til sletterne.
Tør sæson (juni til oktober)
Det er lettere at spotte dyrelivet, da vandhullerne trækker dyrene til sig. Klimaet er mildere og områderne er mere tilgængelige, hvilket gør det til et ideelt tidspunkt for safariturer og naturoplevelser.