Hotellets 38 værelser er spredt ud på tre bygninger. Hovedbygningen, Paladset, huser 11 historiske værelser i størrelsen 29-37 m2. Det blå hus, Casa Azul, har 7 værelser i størrelsen 18-25 m2 og tilbygningen, Bela Vista Jardim, byder på 20 værelser med terrasse-, have- eller havudsigt. Alle værelser er dekoreret individuelt med smukke designdetaljer, og de historiske værelser er prydet med de berømte portugisiske håndmalede klinker. Værelserne har naturligvis aircondition, Wi-Fi, TV m.m.
Blandt de forskellige værelseskategorier kan Nyhavn Rejser især anbefale følgende:
Junior Suite Sea View
33-55 m2 med king size-seng og havudsigt. Plads til max. 3 personer med ekstra seng. Nogle suiter er med balkon.
Junior Suite Village View
Med king size-seng. Plads til max. 3 personer med ekstra seng. Nogle suiter er med balkon.
Suite
64 m2 suite med to balkoner med havudsigt i Casa Jardim-bygningen. Separat soveværelse og stue med plads til maks. 3 med en ekstra seng.